改制时侵吞集体资产主要由旗民政局负责处理，在构成犯罪的情况下，依法追究刑事责任。具体分析如下：

一. 旗民政局的处理职责

1. 行政处罚权：根据《社会团体登记管理条例》第三十条第一款，对于社会团体侵占、私分、挪用社会团体资产或者所接受的捐赠、资助的行为，旗民政局作为登记管理机关，有权给予警告、责令改正、限期停止活动、撤换直接负责的主管人员等行政处罚；情节严重的，还可以予以撤销登记。这一条款明确了旗民政局对于此类违法行为的处理权限。

2. 罚款权：同样依据《社会团体登记管理条例》第三十条第二款，对于上述违法行为，如果涉及违法经营额或者违法所得，旗民政局还有权予以没收，并可以并处违法经营额1倍以上3倍以下或者违法所得3倍以上5倍以下的罚款。这进一步强化了旗民政局对于侵吞集体资产行为的处罚力度。

二. 构成犯罪时的处理

• 如果改制时侵吞集体资产的行为构成犯罪，那么将依法追究刑事责任。这意味着，除了旗民政局的行政处罚外，还可能面临刑事法律的制裁。

综上所述，改制时侵吞集体资产主要由旗民政局负责处理，包括行政处罚和罚款等。如果行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。如果您还有其他问题需要咨询，请随时告诉我。