领导干部在国企改制中贪污原始股的犯罪数额，应以其实际控制的国有股权对应的金额认定。具体分析如下：

一. 贪污国有股权的实质与犯罪数额的计算

1. 贪污国有股权的实质：行为人利用国企改制机会，隐匿国家出资企业的国有股权，将其转为个人所有或个人实际控制的公司所有，这实质上是侵吞国有财产的行为，构成贪污罪。
2. 犯罪数额的计算：贪污犯罪数额应以所隐匿国有股权对应的金额计算。由于股权是一种综合收益权，并不完全等同于财产权，因此确定股权对应的金额对于办理此类案件极为重要。

二. 贪污犯罪既遂的时间节点与犯罪数额的确定

1. 既遂时间节点的确定：根据两高《关于办理国家出资企业中职务犯罪案件具体应用法律若干问题的意见》，所隐匿财产在改制过程中已为行为人实际控制，或者国家出资企业改制已经完成的，以犯罪既遂处理。因此，当行为人对所隐匿财产达到实际控制程度时，即构成贪污罪既遂。
2. 犯罪数额的确定：在贪污罪既遂时，股权对应的金额即为犯罪数额，与行为人犯罪既遂后对公司的后续经营导致股权价格变动无关。有效的资产评估报告能客观反映被隐匿国有股权所对应的市场价值，是确定犯罪数额的重要依据。

三. 无法及时评估时的犯罪数额确定

1. 参照盗窃刑事案件的解释：在司法实践中，若由于各种原因导致无法及时对行为人实际控制的国有股权进行评估，可以参照两高《关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》中关于盗窃有价支付凭证、有价证券、有价票证的规定来确定犯罪数额。
2. 具体计算方法：如果行为人将该国有股权立即转让，犯罪数额应以兑现后的财物价值计算；如果行为人实际控制该国有股权但未立即转让，犯罪数额应以实际控制该股权时国有资本出资额以及此时应得分红、股息之和计算。

综上所述，领导干部在国企改制中贪污原始股的犯罪数额，应以其实际控制的国有股权对应的金额认定。在司法实践中，应结合具体情况，依据相关法律法规和司法解释，准确计算犯罪数额，确保案件的公正处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。