起诉离婚时，违章建筑房本身不会直接因离婚诉讼而被处罚，但违章建筑的处理需遵循相关行政法规。

一. 违章建筑与离婚诉讼的关系

1. 独立性：离婚诉讼主要处理的是婚姻关系存续期间的财产分割、子女抚养等问题，与违章建筑的合法性无直接关联。因此，在离婚诉讼中，法院不会直接对违章建筑进行处罚。
2. 财产性质：虽然违章建筑可能不被视为合法财产，但在离婚诉讼中，若双方对违章建筑有争议，法院仍会考虑其实际使用情况、投入成本等因素，在财产分割时予以适当处理。

二. 违章建筑的处理方式

1. 行政法规处理：根据《城乡规划法》等相关法律法规，违章建筑由相关行政部门负责处理，如城乡规划主管部门等。这些部门会根据违章建筑的具体情况，作出拆除、罚款等行政处罚。
2. 与离婚诉讼的衔接：若离婚诉讼中涉及违章建筑的分割，法院可能会先确认违章建筑的存在和现状，然后依据相关行政法规和双方当事人的协商结果，对违章建筑的使用权或相关权益进行分割。但法院不会直接对违章建筑进行合法性认定或处罚。

三. 实际操作建议

1. 咨询行政部门：在处理违章建筑问题时，建议首先咨询相关行政部门，了解违章建筑的具体处理方式和程序。
2. 协商处理：在离婚诉讼中，若双方对违章建筑有争议，应尽可能通过协商方式解决，以避免不必要的法律纠纷。

我建议，在处理离婚诉讼中的违章建筑问题时，应充分考虑其特殊性和复杂性，遵循相关行政法规和法律规定，通过协商和合法途径解决争议。如有进一步需要，您可以继续咨询我。