在刑事案件中，如果公检法明知存在三个罪名但只落实一个进行公诉，这并不违反法律规定。下面我将对此进行详细分析：

一. 公诉的原则与罪名选择

1. 公诉原则：公诉机关在提起公诉时，需要遵循法律的规定和原则，确保公诉的合法性和正当性。这包括确保公诉的事实清楚、证据确实充分，以及符合刑法规定的起诉条件。

2. 罪名选择：在刑事案件中，可能存在多个罪名与案件事实相关。然而，公诉机关在提起公诉时，并不一定要将所有可能的罪名都一并提起。而是可以根据案件的实际情况、证据的充分性、以及起诉的必要性等因素，选择其中一个或多个罪名进行公诉。

二. 公检法明知三个罪名只落实一个的合法性

• 合法性依据：公诉机关在提起公诉时，有权根据案件的实际情况和证据情况，选择性地提起公诉。只要公诉的事实清楚、证据确实充分，且符合刑法规定的起诉条件，那么即使公检法明知存在其他罪名，也只落实其中一个进行公诉，也是合法的。

• 实践中的考量：在实际操作中，公诉机关可能会考虑到案件的复杂性、证据的收集难度、以及司法资源的有限性等因素，从而选择性地提起公诉。这并不意味着公诉机关忽视了其他罪名，而是基于实际情况和司法实践的需要做出的合理决策。

三. 总结与观点

综上所述，在刑事案件中，公检法明知三个罪名只落实一个进行公诉，并不违反法律规定。这是公诉机关在提起公诉时，根据案件的实际情况和证据情况，以及起诉的必要性等因素做出的合理决策。我的观点是，只要公诉的事实清楚、证据确实充分，且符合刑法规定的起诉条件，那么公诉机关的公诉行为就是合法的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。