如果车贷款逾期了但卡里有钱却未被扣除，你应首先联系贷款机构查明原因，并尽快手动还款以避免进一步的逾期费用和信用损害。以下是具体的分析和建议：

一. 查明原因

1. 联系贷款机构：首先，你应立即联系贷款机构（如银行或汽车消费金融公司），了解为何卡里有钱却未被扣除。可能是因为系统问题、账户信息错误或扣款指令未能及时发出等原因。
2. 核实账户信息：确保你提供的还款账户信息准确无误，包括账号、户名、开户行等，以避免因信息错误导致的扣款失败。

二. 尽快还款

1. 手动还款：如果查明原因后，贷款机构未能自动扣款，你应尽快通过网上银行、手机银行或前往贷款机构柜台进行手动还款。
2. 避免逾期费用：及时还款可以避免因逾期而产生的额外费用，如罚息、滞纳金等。
3. 保护个人信用：逾期还款会对个人信用造成损害，及时还款有助于维护良好的信用记录。

三. 后续跟进

1. 确认还款成功：还款后，务必确认贷款机构已收到款项，并更新你的还款记录。
2. 关注账户动态：后续应继续关注还款账户的动态，确保无其他异常或遗漏的扣款。

我建议，在处理此类问题时，保持与贷款机构的良好沟通是非常重要的。同时，也要时刻关注自己的账户情况，确保资金安全并及时处理任何异常。如有进一步需要，您可以继续咨询我。