黑飞警告通常不会留下案底。以下是对此问题的详细分析：

一. 警告的法律性质

1. 警告是治安管理处罚的一种：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第十条，治安管理处罚的种类包括警告、罚款、行政拘留和吊销公安机关发放的许可证。由此可见，警告是治安管理处罚中最轻微的一种。

二. 警告与案底的关系

1. 案底通常指犯罪记录：案底一般指的是个人因犯罪而被记录在案的情况。而警告作为最轻微的治安管理处罚，并不等同于犯罪，也不会在个人档案中留下犯罪记录。
2. 警告的适用范围：警告通常用于对轻微违法行为的处罚，如情节特别轻微、主动消除或减轻违法后果等情况，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第十九条，甚至可以减轻处罚或者不予处罚。因此，警告并不会导致个人留下案底。

三. 黑飞警告的具体情况

1. 黑飞的定义：黑飞通常指的是未经批准或违反相关规定进行飞行活动的行为。对于这类行为，如果情节轻微，公安机关可能会给予警告处罚。
2. 警告的后续影响：由于警告是轻微的处罚，且不属于犯罪记录，因此黑飞警告通常不会在个人档案中留下案底，也不会对个人的未来产生严重影响。

我的观点：综上所述，黑飞警告作为治安管理处罚中的一种轻微处罚，通常不会留下案底。但需要注意的是，尽管警告不会留下案底，但个人仍应遵守相关法律法规，避免违法行为的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。