甲方无权直接对乙方进行扣款。以下是具体的分析：

一. 合同违约与解除

1. 根据《中华人民共和国民法典》第五百六十三条，当事人一方迟延履行债务或者有其他违约行为致使不能实现合同目的时，另一方可以解除合同。在此情况下，乙方施工时不按甲方要求乱倒垃圾，如果这一行为严重到导致合同目的无法实现，甲方有权解除合同，但并非直接扣款。

二. 民事责任的承担

1. 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十条，因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。乙方乱倒垃圾的行为显然不属于不可抗力，因此乙方应对其违约行为承担相应的民事责任。然而，这种责任的具体形式（如赔偿损失、支付违约金等）应由双方合同中的约定或相关法律法规来确定，并非甲方单方面扣款所能解决。

三. 建议处理方式

• 我建议，甲方应首先与乙方进行沟通，明确乙方的不当行为，并要求其立即改正。如果乙方拒不改正，甲方可以依据合同中的相关条款或相关法律法规，通过法律途径来维护自己的合法权益，如提起诉讼或申请仲裁，要求乙方承担违约责任。
• 例如，合同中可能约定了乙方违约时甲方有权要求赔偿损失或支付违约金，甲方可以依据这些条款来主张自己的权利。

综上所述，甲方无权直接对乙方进行扣款，而应通过合法途径来维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。