中医全科医师证书可以合法行医。具体分析如下：

一. 中医全科医师证书的合法性

1. 证书性质：中医全科医师证书是中医领域的一种专业执业资格，持有该证书表明个人具备中医全科的专业知识和技能。
2. 法律认可：根据相关法律法规，持有合法有效的医师执业证书是行医的必备条件。中医全科医师证书作为医师执业证书的一种，其持有者具备合法行医的资格。

二. 非法行医的界定

1. 非法行医的定义：根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，将受到法律的制裁。
2. 对比说明：持有中医全科医师证书的人员，已经取得了医生执业资格，因此不属于非法行医的范畴。

三. 特殊情况的考虑

1. 证书的有效性：需要注意的是，中医全科医师证书必须是在有效期内且未被吊销或注销的，否则将失去合法行医的资格。
2. 遵守医疗规范：即使持有中医全科医师证书，也必须在医疗活动中严格遵守相关法律法规和医疗规范，确保医疗行为的安全性和有效性。

综上所述，持有中医全科医师证书的人员可以合法行医。他们具备了中医全科的专业知识和技能，并且得到了法律的认可。在行医过程中，应严格遵守相关法律法规和医疗规范，确保患者的权益和安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。