内部承包协议和挂靠协议在建设工程领域中是两种截然不同的合作方式，它们之间存在显著的区别。以下是对这两者的详细对比：

一、合法性

• 内部承包协议：合法有效，不为立法所禁止。它是企业内部的一种管理方式，通过签订内部承包协议，企业能够更高效地利用自身资源，实现工程成本的控制和利润的增加。
• 挂靠协议：为立法所禁止，无效。挂靠行为通常涉及借用资质、名义承揽工程等违法行为，不仅扰乱了市场秩序，还可能对工程质量、安全等造成严重影响。

二、主体关系

• 内部承包协议：承包人一定是公司的职工，与公司存在直接的隶属关系。内部承包人接受公司的监督和管理，双方之间存在合法的劳动关系，并签署劳动合同、缴纳社保。
• 挂靠协议：挂靠人通常不是企业职工，与公司没有行政上的隶属关系。双方之间是平等的民事主体，不享受公司有关劳动保险待遇和工资待遇。即使签订了劳动合同，也主要是为了将项目经理证或注册建造师资格证挂靠到公司以开展业务。

三、项目管理

• 内部承包协议：公司会对内部承包人提供人力、物力等各项支持，并对工程实际建设的技术、质量、安全等方面进行要求和管理。内部承包人在公司的监督与管理下共享利润、共担风险。
• 挂靠协议：被挂靠公司通常不参与工程的实际建设，也不对工程进行监督管理。挂靠方自行组织施工、自筹资金、自主经营、自负盈亏，风险由挂靠方一方承担。被挂靠公司仅收取一定比例的管理费。

四、协议签订时间

• 内部承包协议：通常是在公司与发包方签订建设工程施工合同后，再与其内部人员、部门、分支机构签订内部承包协议。
• 挂靠协议：挂靠协议的签订时间往往早于建设工程施工合同的签订时间。

综上所述，内部承包协议和挂靠协议在合法性、主体关系、项目管理和协议签订时间等方面均存在显著差异。企业在选择合作方式时，应严格遵守法律法规，确保合作方式的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。