公司在申请破产前两个月股东以知识产权代替货币出资完成实缴，这一行为在法律上是合法的。以下是具体的分析：
法律依据
《中华人民共和国公司法》第二十七条：股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。这一条款明确规定了知识产权可以作为出资方式之一。
新《公司法》的变更：新法取消了货币出资金额不得低于公司注册资本的30%的规定，即非货币资产（包括实物、知识产权等）的最高出资比例可达100%。这进一步确认了知识产权作为出资方式的合法性，并且没有限制其出资比例。
实际操作流程
股东以知识产权实缴出资，需要遵循一定的操作流程，包括但不限于：
评估作价：对作为出资的知识产权进行评估作价，核实财产，确保不高估或低估作价。这一步骤是确保出资价值真实、合理的重要环节。
财产权转移：以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。这意味着知识产权需要从股东名下转移到公司名下，成为公司的资产。
验资报告：由会计事务所出具验资报告，确认出资的到位情况。这是公司注册资本实缴的重要证明文件。
工商审核：将相关审核材料提交到工商局进行审核，包括更改章程出资方式等。审核通过后，实缴完成，会颁发核准通知书，并在国家企业信用信息公示网进行公示。
法律后果
合法出资：按照上述流程完成的知识产权实缴出资，是合法的出资方式，股东履行了出资义务，公司注册资本得到了充实。
破产清算影响：如果公司在申请破产前已经完成了知识产权的实缴出资，那么在破产清算时，这部分知识产权将作为公司的资产进行清算，而股东不需要承担额外的现金赔付责任。
综上所述，公司在申请破产前两个月股东以知识产权代替货币出资完成实缴，是符合法律规定的。这一行为不仅合法，而且在实际操作中也是可行的，只要遵循相应的操作流程和法律规范即可。