公司发工资直接微信转账并不直接违法，但可能不符合相关法规要求，存在潜在风险。下面我从法律层面、实际操作风险以及建议措施三个方面来详细解释这个问题。
法律层面分析
合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，此处的“货币形式”并未明确排除电子支付手段。
- 同时，《中华人民共和国劳动合同法》及各地工资条例也并未严格限定工资的发放形式，因此微信转账在双方劳动合同中有明确约定且不违反法律法规的前提下，是合法有效的。
合规性要求：
- 工资支付需通过正规渠道进行，确保可追溯性和安全性。虽然微信转账便捷，但相较于银行转账，其缺乏正式的银行流水记录，这可能影响劳动纠纷中的证据效力。
- 企业应遵守相关规定，采用符合要求的支付方式，并保留完整支付记录至少两年备查。
实际操作风险
税务监管问题：
- 微信转账难以直接关联企业账户，可能导致个人所得税申报与实际收入不符，从而引发税务风险。
- 如果未依法代扣代缴税款，将违反《税收征收管理法》，企业可能面临追缴税款和罚款的处罚。
劳动关系认定争议：
- 非正规的支付方式可能模糊雇佣关系的边界，特别是在劳务外包或临时工场景中，这可能影响工伤赔偿、社保缴纳等权益的归属。
资金安全风险：
- 个人微信账户没有企业账户的资金托管功能，可能存在款项被挪用、延迟到账等问题。
- 电子支付平台的技术故障或网络攻击也可能造成工资发放中断。
举证困难隐患：
- 在劳动仲裁或诉讼中，微信转账记录的真实性可能受到质疑，而银行流水具有更强的法律效力。
建议措施
优先采用银行代发：
- 通过企业对公账户直接转账至员工银行卡，既符合监管要求，又能自动生成可查询的流水记录。
补充书面协议：
- 如果确需使用微信转账，应与员工签订书面协议，明确支付方式及双方权利义务，以降低法律风险。
强化财务管理：
- 建立完整的工资支付台账，保存微信转账凭证、聊天记录等证据材料，并定期与员工核对账目。
综上所述，虽然公司使用微信转账支付工资本身并不违法，但为了确保工资的合法、安全、准确支付，并防范潜在的法律风险，建议公司优先考虑使用银行代发等正规支付方式，并遵守相关法律法规和财务管理制度。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。