如果你在网上签订了协议，但对方跑单（即违约），你可以通过以下方式来起诉对方：

1. 确定管辖法院：

   • 首先，你需要确定哪个法院有权审理这个案件。这通常取决于协议中的约定，比如是否有明确的管辖条款。
   • 如果没有明确的管辖条款，你可以根据被告的住所地或者合同履行地等因素来确定管辖法院。

2. 准备起诉材料：

   • 起诉状：写明原、被告的基本信息，诉讼请求（比如要求对方承担违约责任、赔偿损失等），事实和理由（详细描述协议的签订、履行情况以及对方违约的具体行为）。
   • 证据材料：包括协议文本、聊天记录、转账记录、发货凭证等，以证明你与对方之间的合同关系以及对方违约的事实。

3. 提交起诉：

   • 将起诉状和证据材料提交给确定的管辖法院。
   • 法院会对你的起诉进行审查，如果符合立案条件，会受理你的案件并向你出具受理通知书。

4. 参与诉讼过程：

   • 在法院受理案件后，你需要按照法院的要求参与诉讼过程，比如出庭、质证、辩论等。
   • 如果你对法律程序不熟悉，可以考虑聘请律师代理你进行诉讼。

5. 等待判决和执行：

   • 法院会根据审理情况作出判决。
   • 如果判决支持你的诉讼请求，你可以申请强制执行，要求对方履行判决确定的义务。

总之，起诉对方违约需要遵循一定的法律程序，并准备充分的证据材料来支持你的主张。如果你在这个过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。