已经追回的赃款属于被非法侵占的被害人的合法财产，退赔时执行部门不能扣留一部分不退。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律依据明确退赔原则

1. 《中华人民共和国刑法》第六十四条 明确规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。这一条款明确指出了退赔的原则，即被害人的合法财产应当得到及时返还。

二. 执行部门职责分析

1. 执行部门在退赔过程中，其职责是确保被害人的合法财产得到及时、完整的返还。扣留部分赃款不退，将违背这一职责，也违反了上述法律规定。
2. 如果执行部门扣留部分赃款，将可能构成对被害人合法权益的侵犯，这是不被法律所允许的。

三. 实际执行中的操作

1. 在实际执行过程中，执行部门应当严格按照法律规定，将追回的赃款全部退还给被害人，而不得扣留任何部分。
2. 如果执行部门在退赔过程中遇到任何问题或困难，应当及时向上级部门或法律机构寻求帮助，以确保退赔工作的顺利进行。

综上所述，已经追回的赃款属于被非法侵占的被害人的合法财产，退赔时执行部门不能扣留一部分不退。这是由法律规定和执行部门的职责所决定的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。