即使公安取保候审期间违反规定两次导致取保候审金被没收，案件到检察院审查起诉阶段，检察院仍有可能根据案件的具体事实和证据决定是否起诉。以下是对此结论的详细解释：

1. 取保候审的性质：

   • 取保候审是刑事诉讼中的一项非羁押性强制措施，其目的是为了保障诉讼的顺利进行，并不意味着案件的终结或犯罪嫌疑人的无罪释放。

2. 起诉的决定因素：

   • 检察院是否起诉，主要取决于案件的具体事实和证据，以及法律的规定。如果检察机关认为犯罪事实清楚、证据确实充分，依法应当追究刑事责任，就会向法院提起公诉。

3. 违反取保候审规定的影响：

   • 被取保候审人如果在取保候审期间违反相关规定，如擅自离开居住地、干扰证人作证等，可能导致保证金被没收或部分没收，甚至可能被重新羁押。但这并不影响检察机关根据案件事实决定是否起诉。

4. 可能的情况分析：

   • 证据确凿：如果检察机关发现犯罪嫌疑人的行为构成犯罪，且证据确凿，那么即使之前采取了取保候审措施，也会依法向法院提起公诉。
   • 证据不足或情节轻微：如果检察机关在审查起诉过程中发现证据不足，无法证明犯罪嫌疑人有罪，或者犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚，那么可能会作出不起诉决定。

综上所述，取保候审期间违反规定并导致取保候审金被没收，并不直接影响检察院是否起诉的决定。检察院会根据案件的具体事实和证据，以及法律的规定，来综合判断是否需要提起公诉。如果你对此有进一步的疑问或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。