如果在申请工伤认定书的过程中，双方已经就工伤事宜协商达成了一致，那么接下来可以按照以下步骤处理：

1. 确认协商内容：首先，确保双方协商的内容是明确、具体且全面的，包括工伤的认定、赔偿金额、支付方式、支付时间等关键条款。如果可能，建议将协商结果形成书面协议，并由双方签字确认，以确保协议的法律效力。

2. 继续申请工伤认定书：尽管双方已经协商达成一致，但工伤认定书仍然是确认工伤事实、享受工伤保险待遇的重要依据。因此，建议继续按照原流程申请工伤认定书，以确保自己的权益得到充分保障。

3. 履行协商协议：在获得工伤认定书后，双方应按照协商协议的内容履行各自的义务。如果用人单位未按照协议支付赔偿，劳动者可以依据工伤认定书和协商协议向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

4. 保留证据：在整个过程中，劳动者应妥善保留与工伤相关的所有证据，包括医疗记录、工伤认定书、协商协议等。这些证据在后续可能发生的争议解决中将起到关键作用。

综上所述，即使在申请工伤认定书的过程中双方已经协商达成一致，也建议继续完成工伤认定的流程，并确保协商协议得到妥善履行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。