关于项目废标后是否可以更换代理机构的问题，这主要取决于采购人与原代理机构之间的委托代理协议以及相关的法律法规。

首先，我们需要明确废标决定权的归属。根据《政府采购法》及《政府采购货物和服务招标投标管理办法》的规定，废标决定权主要由招标采购单位行使，这包括采购人及采购代理机构。然而，采购代理机构是否享有废标决定权，还取决于采购人与代理机构之间签订的委托代理协议。如果协议中明确授予了代理机构废标决定权，那么代理机构在出现废标情形时可以作出废标决定；如果未授予，则代理机构无权作出废标决定。

接下来，我们探讨废标后是否可以更换代理机构。废标后，采购人面临重新组织招标或采取其他采购方式的选择。在这个过程中，采购人完全有权根据实际需要和法律法规的规定，决定是否更换代理机构。如果采购人认为原代理机构在之前的采购过程中存在不足或问题，或者希望寻求更专业的服务，那么更换代理机构是一个合理的选择。

需要注意的是，更换代理机构可能需要遵循一定的程序和规定。例如，采购人可能需要与新代理机构重新签订委托代理协议，明确双方的权利和义务；同时，也需要确保新代理机构具备相应的资质和能力，能够胜任接下来的采购工作。

综上所述，项目废标后，采购人可以根据实际情况和法律法规的规定，决定是否更换代理机构。在做出决定时，应充分考虑原代理机构的表现、新代理机构的能力和资质，以及采购项目的具体需求。