当债务起诉后法院拍卖房产后仍有债务未还清时，债权人可以采取以下几种方式处理：

一、要求债务人继续偿还剩余债务

根据《民法典》的相关规定，债务并不因抵押物（即房产）被拍卖而消灭。因此，债务人仍需以其他财产（如银行存款、车辆、其他房产、有价证券、投资收益等）来继续偿还剩余的债务。债权人可以要求债务人提供其财产状况，以便确定是否有其他可供执行的财产。

二、申请法院强制执行其他财产

如果债务人拒绝或无力以其他财产偿还债务，债权人可以向法院申请强制执行。这需要债权人提供债务人其他可供执行的财产线索，法院将依法进行查询、冻结、划拨银行存款，或者查封、扣押、拍卖动产和不动产等。

三、追回隐匿或转移的财产

如果债务人存在恶意转移、隐匿财产等逃避债务的行为，债权人可以通过法律手段来维权。例如，债权人可以行使撤销权，将债务人恶意转移或隐匿的财产追回，并用于偿还债务。这通常需要通过诉讼程序来实现，并需要债权人提供充分的证据来证明债务人的恶意行为。

四、与债务人协商新的还款计划

在某些情况下，债权人和债务人可以协商新的还款计划，以调整原有的还款期限、方式或利率等。这有助于双方达成和解，避免进一步的法律纠纷。双方可以签订书面协议来明确新的还款安排，并确保其合法性和有效性。

五、考虑债务人的破产申请

如果债务人是企业，并且已经资不抵债，无法清偿到期债务，那么债权人可以考虑向法院申请债务人的破产清算。在破产程序中，债务人的财产将被清算，并按照法定顺序清偿债务。对于自然人债务人，在部分地区也可以申请个人破产，经法院审查后，对财产和债务进行清理处置，可能免除部分债务，但生活消费会受到一定限制。

六、寻求专业法律咨询

在处理此类复杂债务问题时，债权人可以寻求专业律师的法律咨询。律师将帮助债权人了解剩余债务的类型、法律处理方式以及追索权限等，并提供具体的法律建议和指导。这将有助于债权人更好地保护自己的合法权益，并制定合适的应对策略。

综上所述，当债务起诉后法院拍卖房产后仍有债务未还清时，债权人可以通过多种方式来处理剩余债务。在处理过程中，债权人应明确债务类型、遵循法律程序，并考虑债务人的其他资产及信用记录修复等因素，以制定合适的应对策略并保护自己的合法权益。