事业编用人合同与企业用人合同的主要区别体现在以下几个方面：
适用范围不同：
- 事业编用人合同，即聘用合同，主要适用于事业单位，是事业单位与其工作人员之间确立人事关系的协议。
- 企业用人合同，即劳动合同，则适用于企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织与劳动者之间建立的劳动关系。
政府干预程度不同：
- 事业单位仍在改革过程中，其用人单位并非完全意义上的独立市场主体，国家在编制管理、经费管理、工资制度等方面对事业单位实行宏观管理。
- 企业则已在改革中成为独立的市场主体，其与劳动者签订的劳动合同更多遵循市场规则，政府干预相对较少。
合同性质与权利义务关系不同：
- 聘用合同调整的是政府对公共组织及其工作人员的人事管理行为，属于公法调整范畴，合同双方的权利义务关系在一定程度上体现了“特别权利关系”，即事业单位及其工作人员要履行一定的公益责任或义务。
- 劳动合同则规范的是企业与劳动者之间的劳动关系，属于私法调整范畴，合同中所规定的权利与义务对当事人来讲基本上是平等的，强调契约的自由性。
管理监督部门不同：
- 事业单位由国务院人事部（现为人力资源和社会保障部）对其进行宏观政策指导和监督。
- 企业则由劳动保障部（现为人力资源和社会保障部下属的劳动监察部门）进行监督和指导。
合同签订与解除的特殊性：
- 事业单位聘用合同的签订对象一般为在编人员，签订合同前需要人社核定相关信息，办理备案、人事、工资关系，还需要编办用编许可。聘用合同一般是三年一签，且不适用劳动合同法，而是执行事业单位人事管理条例。
- 企业劳动合同则无此特殊要求，企业与员工签订的劳动合同归口劳动合同法管理，合同期限可以灵活约定，且劳动合同的签订、变更、解除等更多遵循双方协商和市场规则。
争议处理方式不同：
- 涉及事业单位人事争议时，对事业单位当事人权利与义务的审查，不仅要以合同规定为依据，在某些情况下，还要对其“特别权利关系”进行审查。
- 企业的普通劳动者在争议处理时，则主要依据劳动合同法的规定进行审查和处理。
综上所述，事业编用人合同与企业用人合同在适用范围、政府干预程度、合同性质与权利义务关系、管理监督部门、合同签订与解除的特殊性以及争议处理方式等方面均存在显著差异。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。