因查封扣押发生的保管费用由行政机关承担。以下是对这一结论的详细解释：

根据《中华人民共和国行政强制法》第二十六条的相关规定，对于查封、扣押的场所、设施或财物，行政机关负有妥善保管的责任，且不得使用或损毁。若因行政机关的保管不善导致损失，行政机关还需承担赔偿责任。该条款明确指出，因查封、扣押所产生的保管费用，应由行政机关承担。

这一规定旨在保障行政相对人的合法权益，防止行政机关随意使用权力，避免让当事人承担不合理的费用。查封、扣押作为行政强制措施的一种，其目的在于防止当事人毁灭证据，确保行政决定能够顺利执行。在实施这些措施时，行政机关不仅有权对相对人的财产进行限制，更有责任确保所查封、扣押物品的安全与完好。

因此，无论是行政机关直接保管还是委托第三人进行保管，所产生的保管费用均应由行政机关负责支付。如果行政机关选择委托第三人进行保管，第三人有义务按照约定履行保管职责，并确保物品不被损毁或擅自转移、处置。在此过程中，若因第三人的原因导致物品损失，行政机关在先行赔付后，有权向第三人追偿。

综上所述，因查封扣押发生的保管费用明确由行政机关承担，这是法律对行政机关在履行其职责过程中所提出的明确要求，也是保护行政相对人合法权益的重要体现。如果您在实际操作中遇到行政机关要求您承担保管费用的情况，您可以拒绝支付，并通过合法途径维护自己的权益。