超市违规住人的处罚主要由消防部门、住房和城乡建设部门以及市场监管部门等负责。具体来说：

1. 消防部门：根据《中华人民共和国消防法》的相关规定，超市作为公共场所，应当遵守消防安全规定，不得擅自改变建筑用途，将原本用于商业经营的场所改为居住用途，这可能会引发消防安全隐患。因此，消防部门有权对超市违规住人的行为进行查处，并依法给予相应的处罚。

2. 住房和城乡建设部门：该部门负责城市房地产市场、建筑市场、市政公用设施建设等管理工作。超市违规住人可能涉及到建筑结构的改变、房屋用途的变更等，这些都需要经过住房和城乡建设部门的审批和监管。如果超市未经批准擅自改变房屋用途，住房和城乡建设部门也有权进行查处。

3. 市场监管部门：市场监管部门负责维护市场秩序，打击违法经营行为。超市作为市场主体，应当遵守相关法律法规和规章制度，合法合规经营。如果超市违规住人，可能涉及到超范围经营、无证经营等违法违规行为，市场监管部门也有权进行查处。

综上所述，超市违规住人的处罚涉及多个部门，具体由哪个部门负责取决于违规行为的性质和严重程度。如果你面临相关问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况给出更详细的解答。