员工自然死亡，公司需要承担的责任主要取决于员工死亡的具体情况和相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解答：
一、工伤保险责任
员工在工作时间和工作岗位突发疾病死亡，或者在48小时内经抢救无效死亡，根据《工伤保险条例》的相关规定，这通常会被视同工伤。在这种情况下，公司需要承担工伤保险责任，具体包括：
丧葬补助金：支付6个月的统筹地区上年度职工月平均工资给死亡员工的家属。
供养亲属抚恤金：按照职工本人工资的一定比例，发给由因工死亡职工生前提供主要生活来源、无劳动能力的亲属。具体标准根据亲属关系确定，且总和不超过死者生前工资。
一次性工亡补助金：支付上一年度全国城镇居民人均可支配收入的20倍给死亡员工的家属。
如果公司已为员工投保工伤保险，上述费用将由工伤保险基金支付；如果未投保，则由公司自行承担。
二、民事赔偿责任（基于过错）
如果员工的自然死亡是由于公司存在过错导致的，比如劳动强度安排不合理、工作环境恶劣等，那么员工的家属可以基于侵权责任向公司主张赔偿。这可能包括医疗费（如有抢救过程）、丧葬费、死亡赔偿金、精神损害抚慰金等。
三、无责任情况与人道主义补偿
如果员工的自然死亡与工作无关，且公司没有过错，那么公司一般无需承担法律责任。然而，出于人道主义考虑，公司可能会与员工家属协商，给予一定的经济补偿。
四、其他可能的法律责任
未及时申请工伤认定的责任：如果公司未在规定时间内向社会保险行政部门申请工伤认定，导致期间发生的工伤待遇费用，将由公司自行承担。
劳动保护和健康管理责任：公司应加强对员工的健康管理和劳动保护，提供必要的安全防护措施。如果员工自然死亡与公司未履行此责任有关，公司可能需承担额外的法律责任。
综上所述，员工自然死亡时，公司需要承担的责任取决于多种因素，包括员工死亡的具体时间、地点、原因以及公司是否存在过错等。因此，在处理这类问题时，建议公司详细了解情况，并咨询专业法律人士的意见，以确保合规处理。