关于“店铺转让员工留用工作二年后能否起诉原来用工单位”的问题，结论是：在某些情况下，员工可以起诉原来的用工单位，但这取决于具体的法律关系和事实情况。

首先，我们需要明确几个关键点：

1. 店铺转让与员工留用：店铺的转让通常涉及到资产和经营权的转移，但员工的劳动关系并不一定随之自动转移。除非新员工与新的用人单位（即接手店铺的经营者）重新签订劳动合同，或者原劳动合同中有明确的约定，否则员工的劳动关系仍然与原用人单位存在。

2. 工作二年后的法律地位：员工在原用人单位或新用人单位工作二年后，其法律地位会受到劳动合同、实际工作情况以及相关法律法规的影响。如果员工的劳动关系仍然与原用人单位存在，并且原用人单位存在违法行为（如未支付工资、未缴纳社会保险等），那么员工有权依法提起诉讼。

3. 起诉的法律依据：员工起诉原来用工单位通常需要基于具体的法律依据，如《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等。这些法律规定了用人单位的义务和责任，以及员工在劳动关系中的权益。

接下来，我们根据这些关键点分析员工能否起诉原来用工单位：

1. 如果员工的劳动关系仍然与原用人单位存在：

   • 如果原用人单位存在违法行为，如未按照劳动合同约定支付工资、未依法缴纳社会保险等，员工可以依据相关法律法规提起诉讼，要求原用人单位承担相应的法律责任。

2. 如果员工的劳动关系已经转移到新用人单位：

   • 在这种情况下，员工与原用人单位的劳动关系已经终止，通常无法再基于原劳动关系起诉原用人单位。但如果原用人单位在劳动关系存续期间存在违法行为，且该违法行为对员工造成了损害，员工仍然可以在法定期限内提起诉讼。

3. 特殊情况：

   • 如果店铺转让过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，导致员工的合法权益受到损害，员工也可以依法提起诉讼，要求相关责任人承担赔偿责任。

综上所述，员工在店铺转让后留用工作二年后能否起诉原来用工单位，取决于具体的法律关系和事实情况。如果员工认为自己的合法权益受到了损害，建议咨询专业律师进行详细的法律咨询和评估。