针对您在超市购物时遇到商品缺斤少两，并且超市只赔偿了缺失部分的金额这一情况，以下是我为您提供的详细解答和建议：

首先，要明确的是，当消费者在超市购物时遇到商品缺斤少两的情况，消费者有权要求超市补足商品短缺的部分，这是确保消费者实际获得应有商品数量的基本权益。

其次，根据《消费者权益保护法》等相关规定，超市在商品缺斤少两时，应给予消费者相应的赔偿。具体的赔偿方式通常是按照商品价款的三倍进行赔偿；如果增加赔偿的金额不足五百元，则超市应赔偿五百元作为最低赔偿标准。例如，如果您购买了价值100元的商品，实际称重不足，那么超市应按照三倍赔偿原则，赔偿您300元；如果商品价款的三倍赔偿金额低于500元，超市则需赔偿您500元。

此外，如果您因商品缺斤少两而遭受了其他损失，比如因购买不足量商品导致的额外支出等，超市也应承担相应的赔偿责任。这部分损失的赔偿需要您提供相关的证据，如购物小票、额外支出的凭证等，以便与超市进行协商。

在了解了上述赔偿标准后，如果您认为超市的赔偿方式不符合相关规定，您可以与超市进行协商，要求超市按照法律规定进行赔偿。如果协商不成，您可以向当地市场监督管理部门投诉，由相关部门介入调查处理，以维护您的合法权益，并促使超市依法依规给予合理赔偿。

总之，当您在超市购物遇到商品缺斤少两的情况时，应了解自己的权益和赔偿标准，并与超市进行积极沟通协商。如果超市的赔偿方式不合理，您可以通过投诉等合法途径来维护自己的权益。