职务侵占案件主要由公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）负责处理。以下是对这一结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第十四条，职务侵占罪属于公安机关管辖的刑事案件范围。
   • 《中华人民共和国刑法》第二百七十一条也明确规定了职务侵占罪的构成和处罚。

2. 经侦部门的专业性：

   • 经侦部门是公安机关内部专门负责经济犯罪案件侦查的机构，具备处理此类案件所需的专业知识、技能和经验。
   • 职务侵占作为经济犯罪的一种，涉及财产权益和公司管理秩序，经侦部门能够精准排查犯罪线索、有效收集固定证据，并追捕犯罪嫌疑人。

3. 报案与管辖：

   • 发现职务侵占犯罪行为时，应及时向犯罪地的公安机关经侦部门报案。若犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜，也可选择向其报案。
   • 经侦部门在接到报案后，会依法开展调查取证工作，包括收集相关证据材料、讯问和调查涉案人员等。

4. 特殊情况：

   • 需要注意的是，如果职务侵占行为涉及到的是国家公务员或者公共部门工作人员等公务人员的话，那么监察委员会也可能会启动相关程序，介入该案件的侦查过程中去。

综上所述，职务侵占案件主要由公安机关的经济犯罪侦查部门负责处理。在发现此类犯罪行为时，应及时向经侦部门报案并配合其调查工作。若案件涉及公务人员，监察委员会也可能会介入调查。