借名登记协议在登记人配偶不知情的情况下，仍然可以认定为有效。但这一结论并非绝对，需根据具体情况分析。以下是对此问题的详细解析：

1. 借名买房的法律性质：

   • 借名买房是指当事人约定一方以他人名义购买房屋，并将房屋登记在他人名下，而实际出资人享有房屋权益的一种合同关系。

2. 协议效力的判断标准：

   • 协议是否有效，主要取决于协议内容是否违反法律、行政法规的强制性规定，以及是否存在恶意串通、损害他人利益等情形。
   • 如果协议内容合法，且不存在上述无效情形，那么协议即为有效。

3. 配偶不知情的影响：

   • 配偶不知情并不直接导致协议无效。因为借名买房协议是实际出资人与名义登记人之间的约定，配偶并非协议的直接当事人。
   • 除非能证明该协议损害了配偶的合法权益，且配偶在知情后明确表示反对，否则配偶的不知情不影响协议的效力。

4. 相关法律依据：

   • 根据相关法律规定，合同的效力与合同当事人的意思表示真实、合同内容合法以及合同形式符合要求等因素有关。
   • 配偶的不知情并不属于合同无效的情形之一。

5. 实际案例支持：

   • 在实际案例中，即使名义登记人的配偶对借名买房协议不知情，法院也往往根据协议内容、实际出资情况等因素，认定协议有效。

综上所述，借名登记协议在登记人配偶不知情的情况下，仍然可以认定为有效。但需要注意的是，如果协议内容存在违法情形，或者实际出资人与名义登记人之间存在恶意串通、损害他人利益等行为，那么协议可能会被认定为无效。因此，在签订借名买房协议时，建议双方咨询专业律师，确保协议内容合法、有效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。