公司对员工罚款作为惩罚措施，在一般情况下是不合法的。以下是对这一问题的详细解答：

一、不合法的原因

1. 权利归属：罚款行为实质上构成了对员工财产权的侵犯，而根据法律规定，只有特定的行政管理机构（如行政执法机关）才享有行使罚款职权的资格。公司并不属于行政执法机关，因此没有权利对员工进行罚款。

2. 法律依据：根据《行政处罚法》的相关规定，行政处罚的种类并不包括公司可以对员工进行的罚款。这进一步明确了公司罚款行为的不合法性。

二、合法赔偿与罚款的区别

虽然公司不能对员工进行罚款，但如果员工因自身原因给公司造成了经济损失，公司可以根据双方签署的劳动合同规定，向员工索取相应的经济赔偿。这种赔偿与罚款有本质的区别，赔偿是基于员工对公司的实际损失进行的补偿，而罚款则是一种惩罚措施。

在索取赔偿时，公司需遵守以下规定：

• 赔偿金额可从员工薪资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资总额的20%。
• 扣除后剩余的工资数额不得低于当地政府所设定的月度最低工资标准。

三、员工权益保护

如果公司违法对员工进行了罚款，员工可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 与公司协商：首先尝试与公司进行沟通，要求公司纠正其违法行为，并退还已罚款项。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为，要求劳动监察部门进行查处。

3. 申请劳动仲裁：如果投诉仍然无法解决问题，员工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，公司对员工罚款作为惩罚是不合法的。员工在面对公司的不合理罚款时，应了解自己的权益和合法的维权途径，必要时可寻求法律援助来维护自己的合法权益。