仅有犯罪动机而无证据，司法机关不能认定行为人有罪。这是“疑罪从无”原则的体现。在我国法律体系中，定罪必须有确实、充分的证据证明犯罪事实，形成完整的证据链并排除合理怀疑。犯罪动机只是行为人实施犯罪的内心起因，不能作为认定犯罪的直接依据。
侦查阶段：若公安机关认为有犯罪事实，但缺乏证据证明嫌疑人实施犯罪，将不会移送审查起诉，以避免无足够证据的案件进入后续流程。此时，公安机关会继续调查收集证据，若无法获取足够证据，可能会撤销案件。
审查起诉阶段：检察院会审查案件证据，若发现证据不足、不符合起诉条件，会作出不起诉决定，防止证据不充分的案件进入审判阶段。
审判阶段：法院在审判过程中，若认为证据不足、指控犯罪不能成立，会作出无罪判决，以保障当事人的合法权益。
综上所述，仅有犯罪动机而无证据，司法机关不会对嫌疑人定罪处罚。这体现了我国法律对证据的重视和对当事人合法权益的保护。如果你或你身边的人面临类似情况，建议积极配合司法机关的调查，同时寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。