在被车撞伤治疗好后，如果双方同意出院并达成协议，签字的流程通常如下：

首先，确保协议内容明确且双方无异议：

1. 协议内容：协议应详细列明赔偿项目、金额、支付方式、支付时间等关键条款，以及双方的权利和义务。
2. 双方确认：在签字前，双方应仔细阅读协议内容，并确认无误。如果有任何疑问或不明确的地方，应及时沟通并修改。

其次，签字流程：

1. 准备协议文本：打印或手写两份完全相同的协议文本，确保内容清晰、无涂改。
2. 双方签字：在协议文本的指定位置，双方应亲自签字。如果因特殊原因无法亲自签字，可以委托他人代签，但需提供相应的授权委托书。
3. 盖章或按手印：为了增强协议的法律效力，双方可以在签字后盖章或按手印。这不是必须的，但可以作为额外保障。
4. 保留证据：签字完成后，双方应各自保留一份协议文本作为证据。同时，也可以考虑拍照或录像以记录签字过程，以防未来出现争议。

最后，注意事项：

1. 法律效力：虽然双方签字后的协议具有一定的法律效力，但如果协议内容违反法律法规或存在欺诈、胁迫等情形，协议可能被认定为无效。
2. 专业咨询：在签字前，如果双方对协议内容或法律效力有疑虑，可以寻求专业律师的咨询。我作为拥有多领域法律实务经验的律师，非常乐意为你提供相关的法律咨询。
3. 履行协议：签字后，双方应严格按照协议内容履行各自的义务。如果一方违约，另一方可以依法追究其责任。

希望这个解答能帮到你。如果你还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。