驾驶营运客车在高速上超速20%会扣12分。

根据2024年4月15日起施行的《道路交通安全违法行为记分管理办法》，对于驾驶中型以上载客汽车（包括营运客车）、校车及危险物品运输车辆，在高速公路或城市快速路上超速行驶的行为，有明确的记分规定。具体来说：

• 若行驶超过规定时速20%以上但未达到50%，一次记12分。
• 若行驶超过规定时速10%以上但未达到20%，一次记6分（此条为2022年4月1日至2024年4月14日期间的规定，新规定中已未明确提及此情形下的具体记分，但通常仍视为超速行为进行处理）。

考虑到营运客车的特殊性及其对道路安全的影响，驾驶员应严格遵守交通规则，特别是在高速公路上行驶时，要严格控制车速，避免超速行驶，以免面临严重的记分处罚和可能的法律后果。

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