货运物流签订协议单确实属于民事纠纷的范畴。

具体来说，货运物流协议单，作为运输合同的一种形式，是承运人与托运人或收货人之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。根据《民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议，而运输合同则是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。因此，货运物流签订协议单在性质上属于民事合同，由此产生的纠纷自然也属于民事纠纷。

在处理此类纠纷时，应首先依据合同的具体内容，明确双方的权利和义务。若合同中对相关事项有明确约定，则应按照合同约定进行处理；若合同中没有明确约定或约定不明确，则需根据相关法律法规及行业惯例进行裁决。例如，对于货物在运输过程中的损坏、丢失或迟延交付等问题，双方可依据《民法典》中关于运输合同的相关规定，以及民事诉讼法的程序规定，来明确责任并寻求法律救济。

综上所述，货运物流签订协议单属于民事纠纷，其解决需依赖于相关法律法规的完善规定和法院的公正裁决。当事人在面临此类纠纷时，应充分了解自身权利和义务，积极寻求法律途径解决争议，以维护自身的合法权益。