如果已有驾驶证的手指不合格，即身体条件发生变化不适合驾驶机动车，根据《机动车驾驶证申领和使用规定》（2016年修正本）的相关规定，这样的驾驶人如果仍驾驶机动车，将由公安机关交通管理部门处以二百元以上五百元以下罚款，并且公安机关交通管理部门会收回其机动车驾驶证。
具体的处理流程可能包括以下几个步骤：
立案：当发现机动车驾驶人身体条件发生变化不适合驾驶机动车，但仍驾驶机动车时，公安机关交通管理部门会进行审查，并决定是否立案。
调查：对于已经立案的案件，会指定专人负责，并及时组织调查取证。调查过程中，执法人员会出示执法证件，听取当事人的辩解陈述，并做记录。同时，执法人员需要保守相关秘密。
审查：审查案件调查报告，包括违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度、当事人陈述和申辩理由等方面，然后提出处理意见。
告知：在作出行政处罚决定之前，会制作《公安行政处罚告知笔录》送达当事人，告知其违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。如果符合听证规定，还会制作并送达《举行听证通知书》。
决策：对于需要作出重大行政处罚的案件，会依照相关规定进行集体讨论，并作出具体行政处罚内容的决策。
决定：制作《行政处罚决定书》，其中会载明违法行为人的基本情况、违法事实、证实违法行为的证据名称、作出具体行政处罚的相关依据、对违法行为人作出的具体行政处罚决定、行政处罚决定的执行方式和期限，以及违法行为人申请行政复议或提起行政诉讼的方式、期限等内容。
送达：《行政处罚决定书》会按照法律规定的方式送达当事人。
执行：依照生效的行政处罚决定执行相应的处罚，如罚款、吊销驾驶证等。
因此，如果驾驶证持有者的手指不合格，应当主动停止驾驶机动车，并尽快到公安机关交通管理部门办理相关手续，以避免不必要的法律后果。