针对您提出的问题“医疗机构在诊疗活动中违反指南是按医疗纠纷预防处处理条例第九条处罚吗”，首先我需要明确的是，医疗机构在诊疗活动中违反指南是否按照特定的条例处罚，这取决于具体的法律法规以及当地的医疗管理规定。

一般来说，医疗纠纷的预防和处理会遵循一定的法律法规，如《医疗纠纷预防和处理条例》等。然而，具体到违反诊疗指南的处罚，可能并不直接由该条例的第九条来规定。因为诊疗指南通常是医学界根据临床经验和科学研究制定的，用于指导医生进行诊疗活动的专业文件，它本身并不具有法律强制力。

如果医疗机构或医务人员在诊疗活动中违反了诊疗指南，可能会引发医疗纠纷或医疗事故。在处理这类纠纷或事故时，相关部门会依据相关的法律法规，如《医疗事故处理条例》、《侵权责任法》等，以及当地的医疗管理规定，对医疗机构或医务人员进行相应的处罚。这些处罚可能包括警告、罚款、吊销执业证书等，具体取决于违规的严重程度和造成的后果。

因此，我不能直接给出“是按医疗纠纷预防处处理条例第九条处罚”的结论。如果您遇到了具体的医疗纠纷或相关问题，建议您详细咨询当地的卫生健康行政部门或专业律师，以便获取更准确的法律意见和帮助。在我这里，您可以详细描述您的情况，我会尽力为您提供专业的法律分析和建议。