签订商业保密协议通常是有补偿的。具体分析如下：

1. 一般情况下的补偿：

   • 商业保密协议旨在保护企业的商业秘密等重要信息，员工或相关方因履行保密义务，会限制自身在一定范围内的行为和权益。
   • 给予补偿是对其因承担保密责任而遭受潜在损失的一种弥补，这体现了公平原则，使得接受保密义务的一方得到相应回报，从而更有动力和意愿严格遵守保密规定。
   • 补偿方式多样，可能包括在工资中额外设定保密津贴，或者在离职时一次性支付一定数额的保密补偿费等。

2. 法定保密义务与竞业限制保密的区别：

   • 保密义务虽通常是法定的，若员工基于诚实信用原则对单位商业秘密负保密义务，单位可不支付额外的补偿。
   • 但在竞业限制保密中，单位限制离职员工一定期限内就业，需在该期限内按月支付经济补偿。这是对员工因就业限制而遭受损失的弥补。

3. 补偿的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，对于负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款，并在竞业限制期限内按月给予经济补偿。

4. 未约定补偿的情况：

   • 若保密协议中未明确提及经济补偿，则通常不视为有补偿金。
   • 但若协议中包含竞业限制条款，且员工实际履行了竞业限制义务，员工仍有权要求单位按解约前十二个月平均工资的一定比例（如30%）按月支付经济补偿。

综上所述，签订商业保密协议时，是否包含补偿以及补偿的具体方式、数额等，应依据协议的具体内容及法律规定综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。