一次扣12分的交通违章不能在“交管12123”APP上直接处理。因为处理这类违章后，驾驶人的累计记分将达到或超过12分，根据相关规定，此类情况必须前往交警部门违法处理窗口办理。在那里，驾驶人将需要参加道路交通安全法律、法规和相关知识学习并考试。所以，如果您有一次扣12分的违章记录，请前往交警部门进行处理。