扣6分是可以在交管12123APP上处理的，但具体能否处理还需根据违章的具体情况和车辆性质来判断。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况下可以处理的情况

对于大多数非现场违章（例如电子眼抓拍），且罚款金额在200元及以下的，您可以在交管12123APP上自助处理扣6分的情况。操作流程如下：

1. 登录与绑定：首先登录交管12123APP，并绑定您的驾驶证和机动车。
2. 查找违章记录：在APP的“违法处理”业务中，选择需要处理的违章记录。
3. 完成罚款缴纳：按照APP的提示，完成罚款的缴纳。

二、特定情况下无法处理的情况

1. 现场违章：如果违章是由交警现场开具的罚单（如违停被贴条），则无法通过交管12123APP处理，您需要前往指定的银行或交警大队缴纳罚款。
2. 罚款金额超过200元：虽然扣6分本身不影响在交管12123APP上的处理，但如果该违章行为的罚款金额超过200元，则可能无法通过APP自助处理。
3. 车辆或驾驶证异常：如果车辆未年检、存在盗抢嫌疑，或者驾驶证处于吊销、注销等异常状态，也无法通过交管12123APP处理违章。
4. 特殊类型车辆：营运车辆等特殊类型的违章处理，通常需要通过专门的渠道进行，无法在交管12123APP上自助处理。

三、特殊流程与规定

对于扣分在6分及以上的违章行为，部分情况下您可能需要先到本地的交警队或行政综合处理大厅进行处理，并打印出违法行为的通知单。之后，您可以再次登录交管12123APP，按照系统提示完成后续的违章处理，包括支付罚款和自动扣除相应的驾驶分数。

综上所述，扣6分的违章在大多数情况下是可以在交管12123APP上处理的，但您需要根据自己的违章情况和车辆性质来判断。同时，在处理过程中，请务必遵守相关的流程和规定，以确保处理的合法性和有效性。如果您有任何疑问或困难，建议咨询当地的交通管理部门或专业律师以获取更准确的指导。