C1驾驶证持有者骑电瓶车是否会被扣分，主要取决于所骑电瓶车的类型。

1. 如果骑的是符合新国标标准的电动自行车，这类车辆属于非机动车，不需要驾照，因此C1驾驶证持有者骑这类电瓶车不会被扣分。但需要遵守非机动车的交通管理规定，如闯红灯、逆行等违法行为仍会受到相应处罚。

2. 如果骑的是超标电瓶车，这类车辆实际上被认定为机动车，需要相应的摩托车驾照才能合法驾驶。C1驾驶证持有者若无相应摩托车驾照，骑这类电瓶车则属于准驾不符，会被扣9分，并处以200元至2000元的罚款。

为避免不必要的扣分和处罚，建议C1驾驶证持有者在骑电瓶车前了解清楚所骑车辆的类型及相应的驾驶规定。如果经常需要骑电动摩托车等机动车，可以考虑增驾相应的摩托车驾照。