可以，上门女婿的两个孩子分别随母姓和父姓是合法的。

在“上门女婿”或通常所称的“两头婚”情况下，夫妻双方有权利基于平等自愿的原则，就孩子的姓氏进行约定。以下是对此问题的详细解释：

一、法律依据

1. 姓名权：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人享有姓名权，有权依法决定、使用、变更或者许可他人使用自己的姓名，但不得违背公序良俗。这一规定为夫妻双方对孩子姓氏的选择提供了法律基础。

2. 子女姓氏的选择：《民法典》第一千零一十五条明确规定，自然人应当随父姓或者母姓。这一条款确认了子女姓氏选择的基本原则，即可以随父姓或母姓。

3. “两头婚”中的姓氏约定：在“两头婚”中，夫妻双方约定一个孩子随女方姓，另一个孩子随男方姓，这种约定完全符合法律规定，体现了夫妻双方的自主权和对家庭多样化的尊重。

二、实际操作与法律保障

1. 协商与共识：虽然法律上保障了夫妻对子女姓氏的自主决定权，但在实际操作中，夫妻双方应充分沟通并达成共识，以确保这一约定的顺利实施。

2. 法律保障：如果围绕孩子姓氏产生争议，双方可以通过协商或法律途径来维护自身合法权益。法院将依据相关法律法规进行裁决，确保双方的权益得到妥善保护。

综上所述，“上门女婿”或“两头婚”中分别随父姓、母姓的做法完全符合法律规定，并且体现了夫妻双方的自主权和对家庭多样化的尊重。在实际操作中，夫妻双方应充分考虑家庭观念、亲属看法等因素，通过协商达成共识，并确保这一约定的实施不会违背公序良俗。如果遇到任何争议或问题，可以及时向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和支持。