将两个宅基地合在一起建设一个小楼，是一个涉及多个法律环节和实际操作步骤的复杂过程。以下是根据相关法律法规和操作流程，为您提供的详细解答：

一、法律基础与前提

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国土地管理法》明确规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
   • 各省、自治区、直辖市根据《土地管理法》制定了具体的宅基地管理办法。

2. 前提条件：

   • 确保每个宅基地都拥有合法的土地使用权证。
   • 合并后的宅基地总面积不得超过当地规定的标准。
   • 合并建设必须符合当地土地利用总体规划和乡村建设规划。

二、合并操作流程

（一）同属一户村民

1. 规划申请：

   • 向当地乡镇人民政府或自然资源部门提出建设规划申请。
   • 提交宅基地相关权属证明、设计图纸、施工方案等材料。

2. 审核批准：

   • 相关部门对申请进行审核，包括用地是否符合规划、面积是否超标、设计方案是否合理等。
   • 审核通过后，发放乡村建设规划许可证、建设用地批准书等相关证件。

3. 建设施工与验收：

   • 按照批准的方案进行施工，并接受相关部门的监督检查。
   • 建设完成后，申请竣工验收，并办理产权登记手续，确保新建筑的合法性。

（二）不同户村民合并

1. 转让条件与协议：

   • 转让人需满足拥有二处以上农村住房、同一集体经济组织内部成员转让、受让人符合宅基地使用权分配条件等。
   • 双方签订书面转让协议，明确转让内容、价格、付款方式等。

2. 集体组织同意与过户：

   • 向农村集体经济组织提出转让申请，经村民会议或代表会议讨论同意。
   • 到不动产登记机构办理宅基地使用权变更登记，确保转让的合法性。

3. 后续建设流程：

   • 完成转让过户后，按照同属一户村民的建设流程进行规划申请、审核批准、建设施工与验收。

三、注意事项与风险防控

1. 相邻关系处理：

   • 在合并宅基地前，应与相邻土地使用者充分沟通，确保不侵犯其土地使用权或造成纠纷。

2. 咨询专业人士：

   • 建议咨询专业律师或土地规划师，了解具体法律程序和规定，确保合规操作。
   • 专业人士可以提供针对性的建议，帮助解决合并过程中遇到的问题。

3. 产权纠纷预防：

   • 彻底进行产权调查，确保宅基地无争议，并取得所有产权人的同意。

4. 规划变更风险应对：

   • 密切关注城乡规划动态，及时调整建房方案以应对可能的规划变更。

5. 不得改变宅基地用途：

   • 宅基地主要用于农村村民居住，合并后不得擅自改变其用途。

综上所述，将两个宅基地合在一起建设一个小楼是一个复杂且需谨慎操作的过程。务必确保每一步都符合法律法规要求，咨询专业人士意见，妥善处理各种关系，以避免潜在的法律风险和经济损失。