规定国家机关的根本法律依据是《中华人民共和国宪法》。以下是对此结论的详细阐述：

1. 宪法地位与效力：

   • 《中华人民共和国宪法》是国家的根本大法，具有最高法律效力。它不仅规定了国家的根本制度、公民的基本权利与义务，还是国家法律体系的基础和核心。
   • 宪法为其他法律提供了立法基础和依据，任何法律、行政法规、地方性法规等都不得与宪法相抵触。

2. 国家机关设置与职权：

   • 宪法全面且根本性地规定了各类国家机关的性质、地位、产生方式及基本职权。
   • 例如，全国人民代表大会作为最高国家权力机关，其产生、组成、职权等均由宪法明确规定；国务院作为最高国家行政机关，其组成、职责等也由宪法赋予。

3. 法律依据的层级与关系：

   • 除宪法外，单行法律、行政法规、部门规章及地方性法规等也构成了国家机关行为的法律依据。但这些法律依据都是在宪法的基础上制定的，不得与宪法相冲突。
   • 宪法作为根本法律依据，为其他法律法规提供了指导和约束，确保了国家机关行为的合法性和正当性。

综上所述，《中华人民共和国宪法》是规定国家机关的根本法律依据。它不仅确立了国家的根本制度，还全面规定了国家机关的设置、职权及运作方式，为其他法律法规的制定提供了基础和依据。因此，在探讨国家机关的法律依据时，应首先以宪法为根本出发点。