您好，关于地下人防车位成本在土地增值税清算中是否可以扣除的问题，这主要取决于车位的归属以及相关的税务规定。

首先，根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）的规定，对于房地产开发企业开发建造的公共设施，如停车场（库）等，其成本、费用的扣除原则如下：

1. 建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除。
2. 建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用也可以扣除。
3. 建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。

对于人防车位，其特殊性在于它通常属于人防工程，平时由投资者使用管理，收益归投资者所有。但这里的“投资者”并不一定是开发商，也有可能是全体业主，这主要取决于开发商是否将车位的成本分摊给了全体业主。

如果人防车位的成本已经被开发商计入房地产开发成本，并且在土地增值税清算时作为扣除项进行了申报，那么这通常意味着开发商认为这些车位是属于可以扣除的公共设施范畴。然而，这并不意味着车位的产权就一定属于开发商。实际上，车位的产权归属问题往往需要根据具体的法律文件和合同条款来确定。

因此，在判断地下人防车位成本是否可以扣除时，您需要综合考虑以下几个方面：

1. 车位的产权归属：如果车位产权属于全体业主，那么其成本、费用在符合其他条件的情况下是可以扣除的。
2. 开发商的成本分摊：如果开发商已经将车位的成本分摊给了全体业主，并且这得到了相关法律文件的支持，那么车位的成本也是可以扣除的。
3. 税务规定：最后，还需要根据当地的税务规定来确定具体的扣除标准和程序。

综上所述，地下人防车位成本在土地增值税清算中是否可以扣除，需要根据车位的产权归属、开发商的成本分摊以及当地的税务规定来综合判断。如果您对具体情况有疑问，建议咨询当地的税务部门或专业税务顾问以获取更准确的解答。