土方工程归政府土地行政主管部门管理。具体来说，土方工程作为土地平整项目的一部分，涉及对土地表层状况的改造，包括拆迁、土方施工等，以达到后续施工的要求。根据《土地管理法》的相关规定，国务院自然资源主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作，而县级以上地方人民政府自然资源主管部门则根据省、自治区、直辖市人民政府的规定，承担相应的土地管理和监督职责。

在实际操作中，土方工程的管理可能还涉及其他相关部门，如建设行政主管部门负责施工许可和施工现场的安全管理监督，环保部门负责监管工程施工过程中的环境保护等。因此，在具体项目中，应根据项目性质、规模和所在地政府的规定，确定具体的管理部门及其职责。

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