夫妻双方的户口本不在一起并不影响离婚流程的办理。离婚主要分为协议离婚和诉讼离婚两种，以下是两种方式的详细解答：

协议离婚：

1. 受理条件：

   • 双方必须自愿离婚。
   • 双方均具有完全民事行为能力。
   • 双方已达成离婚协议，协议中需明确对子女抚养、财产及债务处理等事项的意见。
   • 双方的结婚登记需在中国内地办理。

2. 所需材料：

   • 双方的居民身份证原件及复印件，若身份证遗失，可出具有效的临时身份证。
   • 双方的结婚证原件，若结婚证丢失，需书面声明遗失，并提供相关证明材料。
   • 双方共同签署的离婚协议书，一式三份。
   • 双方各提交2张2寸单人近期半身免冠彩色证件照。

3. 办理流程：

   • 双方共同到一方户口所在地或省内经常居住地的婚姻登记机关提出申请。
   • 填写《离婚登记申请书》，并在婚姻登记机关签名或按手印。
   • 在离婚协议书上签署同意协议内容的意愿，并签名或按指印。
   • 婚姻登记机关审查材料，符合离婚登记申请条件的，经过30天冷静期后，双方再次共同到民政部门办理后续手续，完成离婚登记。

诉讼离婚：

若双方无法达成离婚协议，或存在其他复杂情况，可通过诉讼方式离婚。此时，需要向有管辖权的人民法院提起诉讼，并按照法院的要求提交相关证据和材料。法院将依法进行审理，并作出判决。

在诉讼离婚中，户口本的问题也可以通过法院的相关程序进行解决。例如，若一方无法提供户口本，可以向法院申请调取或要求对方提供。

总的来说，夫妻双方的户口本不在一起并不影响离婚的办理。双方可以根据自身情况选择协议离婚或诉讼离婚，并按照相应的流程和要求准备相关材料。如有任何疑问或困难，建议咨询专业的法律人士或婚姻登记机关的工作人员。