医师执业证书确实包括助理医师。

具体来说，医师资格考试体系分为执业医师和执业助理医师两个层级。根据参考信息中的描述，拥有专科学历或中专学历，并且试用期满一年的医学相关专业人员，可以报考执业助理医师。在取得执业助理医师证书后，根据学历的不同，经过一定年限的工作实践，还可以进一步报考执业医师。例如，取得助理证书后满两年，专科学历的医护人员可以报考执业医师；而中专学历的医护人员则需要满五年才能报考。

因此，可以说执业助理医师是医师执业证书体系中的一个重要组成部分，它既是医学专业人员进入医疗行业的一个入门资质，也是后续晋升执业医师的基础。