公司存在劳动仲裁时，仍然可以申请注销，但需注意相关法律风险和责任。

1. 注销前的仲裁事务处理：

   • 公司在注销前，若未妥善处理劳动仲裁事务，劳动者有权向清算组主张权利，要求清算组承担相应责任。
   • 因此，公司在决定注销前，应确保所有劳动仲裁事务已得到妥善解决，以避免后续的法律纠纷。

2. 注销程序与债权债务处理：

   • 公司注销需按照法定程序进行，包括清算、公告等环节。
   • 在清算过程中，公司应妥善处理包括劳动争议在内的所有债权债务。
   • 若公司未依法进行清算或未妥善处理劳动争议等债权债务，劳动者可通过法律途径追究相关责任人的法律责任。

3. 注销后的法律责任：

   • 若公司故意注销以逃避劳动仲裁责任，劳动者可追加公司股东、出资人或清算组负责人为被申请人，要求其承担责任。
   • 股东未依法履行清算义务就注销公司，损害劳动者权益的，要对公司债务承担连带清偿责任。

4. 劳动仲裁期间注销的法律风险：

   • 劳动仲裁期间公司注销存在法律风险，因为注销后公司主体资格消灭，可能影响劳动者维权。
   • 若公司未经合法清算程序注销，劳动者可依法追究相关责任人的法律责任，包括要求其对公司债务承担清偿责任。

综上所述，公司在存在劳动仲裁时仍可以申请注销，但必须依法进行，并妥善处理所有劳动仲裁事务和债权债务。否则，公司可能面临法律风险，劳动者也有权通过法律途径维护自身权益。因此，建议公司在注销前咨询专业律师，确保注销程序的合法性和合规性。