当发票内容填写不全，特别是备注栏信息不完整时，根据税务部门的相关规定，这样的发票可能会被视为不合规发票，不能作为抵扣凭证。以下是一些处理建议和详细步骤：

一、识别问题发票

首先，需要仔细审查发票，特别是备注栏，确认是否存在信息填写不全的情况。例如，对于建筑服务发票，备注栏应注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称；对于货物运输服务发票，备注栏应填写起运地、到达地、车种车号以及运输货物信息等内容。

二、与开票方沟通

如果发现发票备注栏信息不完整，应及时与开票方取得联系，说明问题并要求其重新开具合规的发票。在沟通时，可以明确告知开票方税务部门的相关规定以及不合规发票可能带来的风险，如无法抵扣进项税、可能面临税务处罚等。

三、合规性审查

在收到重新开具的发票后，应再次进行合规性审查，确保所有必要的信息都已完整填写，特别是备注栏。如果发票仍然存在问题，应继续与开票方沟通直至问题解决。

四、税务申报与抵扣

如果发票已经合规，可以按照正常的税务申报流程进行申报和抵扣。在申报时，应确保将合规的发票作为抵扣凭证，并妥善保管相关发票资料以备税务部门查验。

五、风险防控

为了避免类似问题的再次发生，建议加强内部控制和风险管理。例如，可以建立发票审核制度，对收到的所有发票进行逐一审核；同时，加强对财务人员的培训和教育，提高其税务合规意识和风险防控能力。

六、法规依据

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关税务规定，纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产时，取得的增值税扣税凭证必须符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门的规定。否则，其进项税额不得从销项税额中抵扣。因此，确保发票的合规性对于企业的税务管理至关重要。

综上所述，当发票内容填写不全时，应及时与开票方沟通并要求其重新开具合规的发票。同时，加强内部控制和风险管理也是预防类似问题发生的有效措施。