助理医师在诊所单独执业是违反《中华人民共和国执业医师法》及《医疗机构管理条例》相关规定的违法行为。根据这些法规，执业助理医师应当在执业医师的指导下，在医疗、预防、保健机构中按照其执业类别执业，未经医师注册取得执业证书，不得单独从事临床执业活动。

对于此类违法行为，将依据具体情节面临以下法律后果：

一、对诊所的处罚

1. 责令限期改正，这是针对初次或情节较轻的违法行为的常见处罚措施，旨在要求诊所立即纠正违法行为。
2. 并可处以5000元以下的罚款，作为对违法行为的经济制裁。
3. 情节严重的，将吊销诊所的《医疗机构执业许可证》，这意味着诊所将失去合法从事医疗活动的资格。

二、对医师的处罚

1. 警告或暂停执业：由县级以上卫生行政部门给予警告，或者责令暂停6个月以上1年以下的执业活动。这是针对医师个人违法行为的直接处罚。
2. 吊销执业证书：情节严重的，将被吊销执业证书，这意味着助理医师将失去合法从事医疗活动的资格，对其职业生涯产生严重影响。

此外，若执业助理医师单独执业行为给患者造成损害，还应依法承担赔偿责任，包括医疗费用、误工损失等合理费用。若构成犯罪，如因非法行医导致患者重伤、死亡等严重后果，将依法追究刑事责任，可能面临刑罚处罚。

综上所述，助理医师在诊所单独执业是违法的，将面临严厉的法律制裁。因此，强烈建议助理医师务必遵守相关规定，确保在执业医师的指导下开展医疗活动，以避免不必要的法律后果。同时，诊所也应加强内部管理，确保医疗活动的合法性和规范性。