卫健委医科院颁发的证书是有效的。这类证书通常属于专业技术资格证书，由相关部门（如各省、自治区、直辖市的人事或职改部门）根据考试结果颁发，并且在全国范围内有效。

具体来说，如果您通过了由卫健委医科院组织的考试，并且成绩合格，那么您将获得由相关部门颁发的证书。这份证书是您专业技能和知识的认可，也是您从事相关工作的资格证明。

此外，值得注意的是，证书的有效性和认可度不仅取决于颁发机构，还受到国家政策、行业规范等多种因素的影响。因此，在选择考试和获取证书时，建议您关注相关政策动态和行业要求，以确保您所获得的证书具有广泛的认可度和应用价值。

总的来说，卫健委医科院颁发的证书是有效的，并且在全国范围内得到广泛认可。但是，具体证书的有效性和应用价值还需结合您的个人情况和职业规划进行综合考虑。