关于机关财务室是否必须独立办公，这主要取决于相关的财务管理规定以及机关内部的组织架构和管理需求。从您提供的“旌德县司法局财务管理制度”中，我们可以看到有明确的条款指出“财务室单设，非财务人员，未经许可，一律不得入室”，这表明在该司法局内，财务室是被要求独立设置的，以确保财务管理的规范性和安全性。

独立办公的好处包括：

1. 保障财务安全：独立办公可以限制非财务人员进入，减少财务资料、现金、发票、印章等敏感物品遗失或被盗的风险。
2. 提高工作效率：财务人员在一个专属的工作环境中，可以更专注于财务工作，减少外部干扰，提高工作效率。
3. 增强财务透明度：独立办公有助于建立更加规范、透明的财务管理流程，便于上级领导和相关部门对财务工作的监督和检查。

然而，是否必须独立办公也可能受到一些因素的影响，如机关的规模、人员编制、办公条件等。在一些较小规模或条件有限的机关，可能难以实现财务室的完全独立。在这种情况下，可以通过加强财务管理制度、提高财务人员素质、采用电子化管理手段等方式来弥补。

综上所述，虽然“旌德县司法局财务管理制度”中明确要求财务室独立设置，但这一要求是否普遍适用于所有机关，还需根据具体情况而定。不过，从保障财务安全、提高工作效率和增强财务透明度的角度来看，独立办公是一个值得推荐的做法。