案件超过了两年的执行期限，确实是一个需要关注的问题。首先，我要明确的是，根据法律规定，申请执行的期间通常为二年，并且其时效中止、中断适用诉讼时效的相关规定。那么，针对这种情况，以下是我给出的详细解答：

1. 一般情况下的处理：

   • 如果超过了两年的申请执行期限，并且没有存在导致时效中止、中断的法定情形（如被执行人同意履行义务、达成执行和解等），那么法院可能会裁定不予受理执行申请。这意味着，通过法院强制执行程序来实现债权将会变得困难。

2. 存在时效中止、中断情形的处理：

   • 如果存在导致申请执行时效中止、中断的法定情形，那么申请执行时效可以重新计算。在这种情况下，即使超过了原本的两年期限，申请执行人仍然有可能向法院申请强制执行，并且法院可能会受理。

3. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，即使超过了两年的申请执行期限，法院也可能根据具体情况决定是否受理执行申请。比如，如果案件涉及国家利益、社会公共利益等，那么法院可能会考虑受理执行申请。

4. 超过两年未处理的法律后果：

   • 对于被执行人而言，法院强制执行不受两年时间限制，仍可随时对其采取执行措施。被执行人会持续被限制高消费，如不能乘坐飞机、高铁等，并且在金融机构贷款或办理信用卡也会受限。情节严重的，还可能会因拒不执行判决、裁定罪被追究刑事责任。
   • 对于申请执行人而言，如果超过了两年的申请执行期限，并且不存在时效中止、中断情形，那么法院可能不再受理执行申请。此时，申请执行人的债权难以通过法院强制执行程序实现，但实体权利依然存在，可以通过与被执行人协商等方式来主张权利。

5. 应对措施：

   • 如果发现案件超过了两年的执行期限，申请执行人应该尽快咨询专业律师（比如我），了解具体的法律情况和可能的应对措施。
   • 申请执行人可以积极向法院提供被执行人的财产线索等信息，推动执行程序的进行。
   • 如果认为法院在执行过程中存在不作为或怠于执行的情况，申请执行人可以向上一级人民法院申请执行监督或向法院的纪检监察部门反映情况。

综上所述，案件超过了两年的执行期限是一个需要谨慎处理的问题。申请执行人应该尽快咨询专业律师，了解具体的法律情况和可能的应对措施，以最大程度地保障自己的合法权益。