土地增值税的清算时间主要依据房地产开发项目的具体情况和税务机关的要求来确定。以下是详细解释：

一、纳税人应主动进行清算的情形

1. 房地产开发项目全部竣工、完成销售

   • 当房地产项目的所有房产建设完毕且已全部销售时，纳税人需进行土地增值税清算。例如，一个住宅小区的所有住宅楼和商业配套均完工，并且每套房屋都已售出，就满足了清算条件。

2. 整体转让未竣工决算房地产开发项目

   • 若在项目未完全竣工决算前，开发商将整个项目转让给其他单位或个人，如因资金链问题或战略调整而转让在建的商业综合体，原开发商应进行土地增值税清算。

3. 直接转让土地使用权

   • 纳税人将自己拥有的土地使用权（无论是否已开发）转让给他人时，需进行土地增值税清算。例如，某企业将闲置土地直接转让给另一家企业用于开发，转让方就需按规定进行清算。

二、税务机关可要求纳税人进行清算的情形

1. 已竣工验收项目，转让比例达标或剩余面积出租自用

   • 对于已竣工验收的房地产开发项目，若已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例达到85%以上，或虽未达到85%但剩余的可售建筑面积已出租或自用，税务机关可以要求纳税人进行清算。

2. 取得销售（预售）许可证满三年未销售完毕

   • 自开发商取得销售（预售）许可证之日起，若三年内房屋仍未销售完毕，税务机关有权要求纳税人进行土地增值税清算。

3. 申请注销税务登记但未办理清算手续

   • 若纳税人向税务机关申请注销税务登记，但其之前开发的房地产项目尚未进行土地增值税清算，税务机关将要求其先完成清算工作再办理注销手续。

三、清算申报的具体要求

1. 时间要求

   • 房地产开发企业应当在达到土地增值税清算条件之日起90日内到主管税务机关办理清算申报手续。
   • 若主管税务机关要求房地产开发企业办理土地增值税清算申报手续，企业应当自收到清算通知之日起90日内办理。

2. 提交材料

   • 纳税人需要填写《财产和行为税纳税申报表》等相关资料，并办理土地增值税清算手续，结清应缴纳的土地增值税税款。

3. 税务机关审核

   • 主管税务机关应在清算受理之日起90日内完成审核并出具审核意见，审核时限不包括房地产开发企业按照税务机关要求说明情况、补充资料的时间。

综上所述，土地增值税的清算时间取决于房地产开发项目的具体情况和税务机关的要求。纳税人应密切关注项目进展和税务机关的通知，确保在符合清算条件时及时、准确地进行土地增值税清算，以避免可能的法律风险和经济损失。